과잉 섭취된 설탕은 일부 에너지로 쓰이고 나머지는 모두 간에 저장된다. 또 이때 글리코겐으로 다 저장되지 못한 설탕은 중성지방으로 합성된다. 이러한 중성지방은 보통 피하지방으로 저장되면서 많은 성인병의 원인이 된다. 이들은 혈액 속을 떠다니다가 혈관 벽에 침착해서 동맥경화를 일으키고, 심근경색의 원인이 되기도 한다. 설탕은 간에 지방이 끼는 지방간의 원인이 되며, 이러한 지방간은 간경화를 불러일으키고 더 나아가 간암으로까지 발전할 수 있다. 또한 간에 축적되는 당분이 많아지면서 간의 비정상적인 비대화를 초래해 간 기능을 약화시킨다.
